Henny Protzen-Kundmüller wurde am 26. August 1896 in Bamberg als Henriette Kundmüller geboren. Sie war die Enkelin des ebenfalls bekannten Malers Hans Kundmüller. Ihre künstlerische Laufbahn war eng mit der ihres Ehemannes, dem Maler Carl Theodor Protzen, verbunden.
Ab 1917 lebte sie in München, wo sie zunächst die Privatschule von Walter Thors besuchte. Von 1920 bis 1926 studierte sie an der Akademie der Bildenden Künste in München bei Walter Püttner, Angelo Jank und Carl Caspar. Sie war eine der ersten Frauen, die an der Akademie der Bildenden Künste in München studieren konnten. Möglich war das für Frauen erst ab 1919. 1921 heiratete sie ihren Studienkollegen Carl Theodor Protzen, mit dem sie in den folgenden Jahrzehnten eng zusammenarbeitete.
Henny Protzen-Kundmüller schuf vor allem Gemälde in Öl und auf Karton, aber auch Aquarelle, in denen sie Landschaften, Porträts und Straßenszenen darstellte. Charakteristisch für ihre Landschaften ist ein impressionistischer Stil mit teilweise expressiver Farbigkeit. In ihrer Frühphase, den 1920er Jahren, entstanden auch viele Werke mit religiösen Themen. Ab dem Ende der 1920er Jahre begann sie sich an den Motiven und dem Stil der Neuen Sachlichkeit zu orientieren.
In den 1930er Jahren entwickelte sich ihr Stil hin zu einem naturalistischen bzw. tonigeren, fast altmeisterlichen Stil, was mit den Vorlieben der offiziellen Kunstpolitik im Nationalsozialismus übereinstimmte. Das zeigt auch ihre regelmäßige Teilnahme an der Großen Deutschen Kunstausstellung in München in den Jahren 1937, 1938, sowie 1941 bis 1943. Ihr Werk „Winter“ wurde 1937 im Deutschen Pavillon bei der Weltausstellung in Paris gezeigt, wofür sie eine Silbermedaille erhielt.
Während dieser Ausstellung, die von Mai bis November 1937 ging, wurden zwei ihrer Werke im Rahmen der Aktion „Entartete Kunst“ aus der Alten Pinakothek entfernt und beschlagnahmt: „Das Gespensterhaus“ und „Die Ebene“, deren Verbleib ungeklärt ist. Möglicherweise war das der Grund dafür, warum sie erst 1938 den Antrag auf Mitgliedschaft in der Reichskulturkammer der Bildenden Künste gestellt hat, nachdem sie sich zunächst geweigert hatte, dort Mitglied zu werden. Ihrem Antrag wurde stattgegeben, vermutlich auch deshalb, weil ihr Ehemann Carl Theodor Protzen, der vor allem für seine Darstellungen des Baus der Reichsautobahn bekannt war, sich für sie einsetzte.
Nach dem Zweiten Weltkrieg engagierte sich Henny Protzen-Kundmüller in der Münchner Kunstszene und war von 1948 bis 1956 die Vorsitzende des Münchner Künstlerinnenvereins. Werke von Henny Protzen-Kundmüller befinden sich unter anderem in den Bayerischen Staatsgemäldesammlungen, im Lenbachhaus in München und in vielen privaten Sammlungen. Henny Protzen-Kundmüller starb am 22. Oktober 1967 in München.
